رهبر معظم انقلاب، آیتالله خامنهای، در دیدار با برگزارکنندگان همایش بزرگداشت آیتالله میرزا محمدحسین نائینی، ایشان را یک فقیه استثنایی و از مهمترین شخصیتهای علمی و معنوی حوزه علمیه نجف معرفی کردند.
به گفته ایشان، آیتالله نائینی در علم اصول، با نوآوریهای فراوان و بنیانگذاری یک نظام فکری منسجم، یک شاکلهسازی بینظیر را به وجود آوردند. همچنین، تربیت شاگردان برجسته و داشتن دیدگاههای سیاسی پیشرو، از دیگر ویژگیهای بارز این عالم بزرگوار بود.
آیتالله خامنهای، کتاب «تنبیه الامه» را نمادی از اندیشه سیاسی آیتالله نائینی دانستند و تاکید کردند که ایشان، خواهان تشکیل یک حکومت اسلامی بر پایه ولایت و در برابر استبداد بوده و معتقد بودند که حکومت باید در برابر مردم پاسخگو باشد و با نظارت مجلس منتخب، قانونگذاری کند.
رهبر انقلاب، چارچوب حکومتی مورد نظر آیتالله نائینی را همان جمهوری اسلامی توصیف کردند و توضیح دادند که حمایت ایشان از مشروطه، در واقع حمایت از برقراری عدالت و رهایی از ظلم و استبداد بوده است.

